Andoain está situado donde comienza el ensanchamiento del Valle del Oria, situado al pie de los montes Belkoain y surcado por numerosas alturas (Buruntza, Usobelartza y Adarra).
Los ríos principales de Andoain son el Leitzaran y el Oria. El primero viene desde Navarra en un valle estrecho y encajonado. El Oria atraviesa el término municipal de Norte a Sur. El término está regado por arroyos y regatas que descienden de las zonas altas para ir a engrosar las aguas de los dos ríos principales.
Antiguamente existían dos poblaciones: Leizaur, situada en la confluencia de los ríos Oria y Leizarán, y Andoain, nombre que prevalecerá desde el siglo XIV, localizada en las faldas del Buruntza.
De los siglos XII, XIII y XIV datan las casas torres, residencia y propiedad de ciertas familias que, aparte de la explotación agrícola y ganadera, ejercían el oficio de defender el territorio contra posibles incursiones de enemigos. Situadas en posición estratégica, Andoain contaba con las casas torres de Izturitzaga, Leizaur, hoy conocida por Jauregi, Berrozpe, Bazkardo y Sagarmendi.
El siglo XVIII supondrá un cambio considerable ya que el municipio se unifica geográficamente y el centro vital de la vida andoaindarra pasa desde las faldas del monte Buruntza al lugar que hoy en día ocupan la iglesia parroquial y el ayuntamiento.
Ya en pleno siglo XIX Andoain quedará vinculado a uno de los nervios impulsores de la economía guipuzcoana al surgir, además de nuevas industrias, el tren Irún-Madrid, línea inaugurada en 1864.
